Antrojo pasaulinio karo metu senoji Klaipėda buvo naikinama. 1945 m. sausio mėnesį subombarduoti beveik visi maldos namai.
1945 m. gegužės mėnesį pasirašytu Telšių vyskupo prašymu jau tų pačių metų pabaigoje katalikams buvo atiduota irvingerių Apaštalų Bažnyčia, esanti Jūros aikštės ir Bokštų skersgatvio kampe. Tai buvusi vokiečių senkatalikų „Katolische Apostolische Gemeindekirche“ bažnyčia. Tais pačiais metais bažnyčiai suteiktas Kristaus Karaliaus titulas.
Nuo pokario iki 1988-ųjų Kristaus Karaliaus bažnyčia buvo vieninteliai veikiantys katalikų maldos namai Klaipėdoje.
1997 m. Klaipėdos Kristaus Karaliaus bažnyčia rekonstruota pagal architekto Sauliaus Prikockio projektą pristatant apsidę ir zakristiją.
2001 m. atliktas pastato kapitalinis remontas pagal architekto Sauliaus Manomaičio projektą. Pagrindinis bažnyčios restauravimo idėjos įkvėpėjas ir rėmėjas – Ramūnas Milikas.
Bažnyčios interjeras papuoštas dailininkų Dalios Skardžiūtės, Carlo Bertagnin OFM ir Pauliaus Vaineikio OFM nutapytomis Kristaus Karaliaus ir Kristaus kančios kelio ikonomis.
„Ikonografija yra graikų žodžių „eikon“ (atvaizdas) + „graphos“ („kad parašytų“) junginys. „Kaip Šventas Raštas žodžiu perduoda mums išganymą, taip ikona perduoda tą patį forma ir spalvomis“ (Nikėjos II susirinkimas 787 m.). Ikona, tarsi liturginė knyga – istoriškai rašoma teptuku“ (http://www.polia.info/Ikona/Ivadas.htm).
2001 m. lapkričio 25 dieną įvyko bažnyčios koncekracijos iškilmės. Koncekracijos apeigas vedė Telšių vyskupas Antanas Vaičius. Ilgus metus Kristaus Karaliaus bažnyčiai vadovavo kunigas Bernardas Talaišis.
2002 m. Kristaus Karaliaus šventės proga Lietuvos pasauliečių pranciškonų ordino iniciatyva, bendradarbiaujant su broliais pranciškonais, parengtas leidinėlis „KRYŽIAUS KELIAS Klaipėdos Kristaus Karaliaus bažnyčioje“. Leidinio dizainerė – Silvija Knezekytė.
2009 m. bažnyčia papuošta Švč. Mergelės Marijos ikona, nutapyta ikonografės Angelės Joknytės.
2013 m. bažnyčioje įstatyti nauji vitražai (restauratorius vitražistas Dagis Bumbulis ir Dalia Mulevičienė).
2014–2015 m. pagal Henriko Ratauto projektą atnaujintas bažnyčios interjeras. Šiandien bažnyčią puošia naujas altorius, krikštykla, naujos klausyklos ir suolai.
2017 m. lapkričio 26 d. Telšių vyskupijos vyskupas Kęstutis Kėvalas pašventino naująsias bažnyčios duris. Taip paminėtos Žemaičių vyskupijos įsteigimo 600-osios metinės ir Lietuvos Nepriklausomybės atkūrimo 100-metis. Durų – „Džiaugsmo vartai“ – autoriai: Kęstutis Krasauskas (bronzinė dalis) ir Henrikas Ratautas (medinė dalis).
„Džiaugsmo vartai“ padalinti į šešias dalis, jų pagrindinis akcentas – vynuogių motyvais puoštas kryžius, kuriame įrašyti Jėzaus žodžiai: „Aš atėjau, kad žmonės turėtų gyvenimą, kad apsčiai jo turėtų“ (Jn 10,10).
Šešiose dalyse pavaizduotos pagrindinės tikėjimo scenos: Apreiškimas, Kalėdos, Velykos, Sekminės, Jėzaus krikštas, pirmasis Jėzaus stebuklas vestuvėse.
Apie skulptorių Kęstutį Krasauską, jo kūrybą ir durų projektą lrt.lt ir sculptorkestutiskrasauskas.blogspot.com
Martynas Vainorius / 2019-11-23 / Atvira Klaipėda.lt
VIENINTELĖ SOVIETMEČIO KATALIKŲ BAŽNYČIA – NAUJŲJŲ APAŠTALŲ PALIKIMAS
Jurga Petronytė / 2015-05-30 / ve.lt
KRISTAUS KARALIAUS BAŽNYČIA – UNIKUMAS SU ISTORIJOS DĖMĖMIS